抗癫痫药物对于人体会产生一定毒副作用，特别是长期服药的患者，临床上常见的毒副作用主要包括对神经系统影响、血液系统影响、骨骼系统影响、消化系统影响、内分泌系统影响、免疫系统影响。
抗癫痫药物最常见的毒副作用就是对于神经系统的影响，会导致患者头晕、眼花、视物不清、走路不稳、嗜睡、焦虑、失眠，还可出现行为异常、情绪改变、脑电图改变等。有的患者还出现不自主运动、舞蹈样动作、口面部肌肉运动障碍等。
长期口服抗癫痫药的患者可出现血液系统改变，可发生贫血、粒细胞减少及粒细胞缺乏、血小板减少及凝血机制障碍等。
抗癫痫药物对骨骼的影响是比较常见的，尤其是对正在生长发育的儿童影响更大，可引起低血钙、低血磷、小儿佝偻病和骨质脱钙等。根本原因是由于药物干扰了维生素D的代谢。
大部分抗癫痫药物都会引发胃肠道反应，出现恶心、呕吐、腹痛、腹泻、食欲减退等症状，并会对肝脏产生不同程度的损害，严重者可导致胰腺炎的发生。
抗癫痫药物也会对内分泌及免疫系统造成影响，可能是由于药物诱导激素代谢加快，免疫物质生成及代谢异常。