1.一般治疗：①急性发作期必须适当休息。精神神经过度紧张者可适当服用镇静剂，如利眠宁、安定等。②饮食宜采用软而易消化、富有营养的食物。急性发作期只给无渣半流质。严重发作者，头几天宜禁食，静脉内供给营养，使肠道得以休息。禁食有刺激性食物，并避免牛奶和乳制品。
2.抗菌药物首选胃肠道不易吸收的碘胺类药物。水杨酸偶氮磺胺毗啶疗效较好，能缓解症状和预防复发，适用于轻型或重型缓解期，疗程约一年。其他磺胶类药物如磺胺咪、酞横噻唑等亦可应用。
3.肾上腺皮质激素能抑制炎症和免疫反应，缓解毒性症状。近期疗效较好，而远期疗效尚未肯定。一般适用于磺胺类药物无效者，或急性发作期或暴发型病例，可给强的松、地塞米松或强的松龙口服，也可给氢化考的松或琥铂酸氢化考的松静脉滴注或灌肠。
4.其他免疫抑制药硫唑瞟吟和6-琉基瞟呤等免疫抑制药均可选用，但其疗效尚不能肯定，对碘胶类药物和肾上腺皮质激素治疗无效者，可谨慎使用。与肾上腺皮质激素联合应用时，常可减少两者的剂量。
5.对症治疗：①解痉：阿托品、颠茄片、普鲁本辛和复方苯乙呱啶均可选用.②收敛：可选用次碳酸铋、鞣酸蛋白等。③贫血严重者应输鲜血。营养不良者可输血浆或人体白蛋白。
6.中医药治疗：①耳针：交感、神门、大肠或直肠下段，留针30分钟或埋针，加刺足三里、天枢或止泻。②中草药地丁草、鸡眼草、红藤、一见喜、大枣煎服;或马齿苋、地丁草、一见喜、鸡眼草浓煎后灌肠.另有较多的慢性结肠炎病例，症状较轻，大使次数增多，有时出现脓血，多次检查未发现特异的病原体，也无非特异性溃疡性结肠炎的征象。对此类病人可对症治疗，方法同非特异性溃疡性结肠炎。