对于间质性肺炎，不同致病微生物的感染，我们使用的药物也是不同的，具体如下：1、如果患者是由于细菌感染引起时，我们可使用头孢克肟、头孢克洛、阿莫西林、青霉素v钾片、阿奇霉素、左氧氟沙星等相关的药物进行治疗。2、如果患者是由于病毒引起时，我们可使用更昔洛韦、阿昔洛韦、奥司他韦、阿比多尔等等，也可使用清热解毒的药物，例如清开灵、蒲地蓝。3、如果患者是由于支原体、衣原体、军团菌等引起时，我们可使用大环内酯类的阿奇霉素、红霉素，或者是喹诺酮类的左氧氟沙星、莫西沙星等等。4、如果患者是由于真菌感染引起时，我们需要使用抗真菌的药物，例如两性霉素B、氟康唑等等。
