第一、肛周脓肿需与肛周毛囊炎、疖肿等鉴别。疖肿的病灶仅在皮肤或皮下,好发于骶骨和肛周的皮下,肿胀略突出,中心有小白头,内有脓栓,“易溃、易敛、易消”这是疖肿的三大特点。因发病与肛窦无病理性的联系,溃后不形成肛瘘。第二、骶前的囊肿、畸胎瘤发生于直肠的后壁,触之有分叶感或异物感,无明显的压痛,全身症状轻、骶前畸胎瘤继发感染,有时与直肠后部脓肿相似,肛门指诊直肠后有肿块,光滑,无明显的压痛,有囊性感;X线检查,可见骶骨与直肠之间组织增厚和肿物或见骶前肿物,将直肠推向前方,肿物内有散在的钙化阴影、骨质、牙齿等。第三、骶髂关节的结核性脓肿,该脓肿病程长,有结核病史,病灶与肛门和直肠无病理的联系,X线检查可见骨质的改变。第四、化脓性汗腺炎好发于肛周的皮下,脓肿浅,而在病变的范围广,有多个可相通的溃口,窦道不与直肠相通,病变区皮肤增厚、色素沉着。第五、肛周坏死性筋膜炎,又称为坏疽。会阴部产气性皮下蜂窝组织炎,是一种起病急、病程进展迅速的重症,爆发性感染性疾病。本病主要发病因素为多种不同种类的细菌感染,以肛周和会阴三角区的皮肤及皮下组织化脓、溃烂、坏死为特征,感染可经会阴浅筋膜,延至腹壁,甚至到胸部,具有起病急剧,发展迅速,死亡率高的特点。