（1）内口处理不当：绝大多数是因为内口没有找准确或没有把感染的原发灶即内口彻底清除；（2）肛门腺处理不当：肛门腺感染是肛瘘的重要病因，因此要切干净内口以及内口附近有炎症的肛门腺及肛门腺导管；（3）瘘支管及其瘘空腔清除不彻底：即在手术中没有刮干净坏死组织或清除支管可导致复发；（4）内口复杂：即瘘内口二个或二个以上时寻找内口不完全导致复发。另外一些患者因肛门腺感染，又发生了肛周脓肿导致新的肛瘘；（5）术后换药不到位，创口过早粘合形成假愈合；（6）合并全身性疾病，如糖尿病性肛瘘，这类患者的肛瘘除局部处理治疗外，必须进行降糖治疗，只有这样才可能取得良好的治疗效果。
（1）内口处理不当：绝大多数是因为内口没有找准确或没有把感染的原发灶即内口彻底清除；（2）肛门腺处理不当：肛门腺感染是肛瘘的重要病因，因此要切干净内口以及内口附近有炎症的肛门腺及肛门腺导管；（3）瘘支管及其瘘空腔清除不彻底：即在手术中没有刮干净坏死组织或清除支管可导致复发；（4）内口复杂：即瘘内口二个或二个以上时寻找内口不完全导致复发。另外一些患者因肛门腺感染，又发生了肛周脓肿导致新的肛瘘；（5）术后换药不到位，创口过早粘合形成假愈合；（6）合并全身性疾病，如糖尿病性肛瘘，这类患者的肛瘘除局部处理治疗外，必须进行降糖治疗，只有这样才可能取得良好的治疗效果。
肛瘘手术后的朋友最担心的事情莫过于术后复发了。因为术后复发意味着要再经历一次手术的痛苦，所以说呢，手术复发是大家特别关心的一个问题。那么我们如何预防肛瘘手术后复发呢？我们应该注意以下几个方面，第一，就是一定要严格的遵守医嘱，要记住医生交代给你的各种各样的注意事项，严格的按照医生的话去做；第二，一定要认真的换药，每次换药都要按照医生的要求及时地按时换药；第三，一定要定期的到医院来复查，复查的时候医生会给你仔细的检查，如果发现有什么局部不好的情况，那么都会及时的进行有效的处理。那么这些处理呢，对预防它的复发是非常重要的，再一个问题就是一定要注意保持大便通畅，防止大便干结，同时也要防止腹泻。因为腹泻和便秘这两个问题，也是容易导致肛瘘术后复发的因素。最后一个就是一定要注意锻炼身体，要让自己的体质强健起来，抵抗力强健起来这样的话呢才能够减少肛瘘术后复发的可能性。
引起肛瘘最主要的是感染，肛门的感染的部位大多数在肛门皮肤与直肠交界的地方，这地方是一个薄弱区，有一些倒置的漏斗状的东西，如果说出现大便的异常这些脏东西藏到里面了，那么会很快的感染，感染以后几天的时间就发展到大量的脓液那么这些脓液在肛门口，皮肤破溃以后就会出现肛瘘。
肛瘘是发生在肛门直肠周围的化脓性的疾病，肛瘘它是这个肛周脓肿以后形成的一个病理改变，也就是说肛门直肠周围的化脓性的改变有两类：一类叫急性化脓性改变；一类叫慢性化脓性的改变。急性化脓性的改变我们把他称为肛周脓肿，肛周脓肿溃破以后或者是做了手术把脓引流出来以后，那么局部的感染就会减轻，那么它就会由一个急性的化脓性的感染转换成一个慢性的化脓性的感染的过程，那么这个慢性化脓性感染的阶段我们就把他称为肛瘘。为什么叫肛瘘是因为这个肛瘘他有三部分组成：一部分是一个原发的内口，就是它原发感染灶形成的内口，还有一个继发的外口就是由于溃破或者做手术那个向外排脓的那个口我们把称为外口，在内口和外口之间有一个管道，那么这个就是肛瘘它的一个结构 。所以说肛瘘的形成的原因就是肛周脓肿然后演变成肛瘘，那么肛瘘和肛周脓肿它共同的原因就是在肛门内肛隐窝发生感染形成的化脓，所以说肛瘘和肛周脓肿都是属于一类的疾病，都是由于肛隐窝肛腺的感染化脓而形成的化脓性的疾病。
导致肛瘘的主要原因是解剖学的因素。1、肛腺在大便的时候起润滑作用，它会分泌一些粘液性的东西，防止大便太干燥。肛腺不发达的人在大便太干燥的时候，容易感染以后形成肛瘘。2、还有一些体质的因素。包括人过度劳累，这时候就容易抵抗力下降，进而细菌也就容易繁殖起来。3、喝酒、吃火锅、麻辣食物也会刺激它的产生。
肛瘘如果经手术治疗以后，出现复发一般在术后三个月之内就会出现类似的复发临床症状。例如局部手术切口愈合不良，仍然会出现术后反复的流脓，甚至肿痛症状。肛瘘复发是由于手术时未完全处理肛瘘瘘管或者内口所导致的术后复发。所以，一般其复发时间都比较短，在术后三个月到半年内就会出现复发症状。 而肛瘘还有一种情况就是术后如果护理不完善，出现手术切口的假性愈合，也有可能会导致肛瘘复发。所以，患者需要定时回医院复诊，防止类似情况出现。
