性功能障碍的治疗需要综合性的治疗，在治疗原发疾病的基础上，根据个人的具体情况可选择以下几种方式：
一、性教育及心理治疗，如加强性教育知识的指导、纠正错误的性观念，而心理治疗强调个体化的方案，必要时需要心理门诊的医生辅助患者改善心理情况；
二、性行为的治疗，主要是通过针对性的性方面的训练，使患者逐渐适应并熟悉性交的过程，然后提高患者对性反应的自身感觉，减轻对性交的焦虑和恐惧；
三、药物治疗，主要有西药，如西地那非、他达拉非、达泊西汀等；
四、中医中药治疗、针灸及按摩等方式，建议到正规医院的中医科治疗；
五、物理治疗，主要是男用或女用电动按摩器，阴茎模型模具等对男性女性进行辅助性的帮助；
六、手术治疗，主要是针对阴茎本身有疾病的患者，进行手术改善男性阴茎的问题。
勃起功能障碍早期可以用药物治疗，用一些改善阴茎内皮细胞的药物，常用的有他达拉菲或者万艾可这类药物，其次还可以通过负压助勃去治疗，当然民族药物也不错，有很多药物也可以去改善勃起功能障碍，现在比较新颖的一种方法，可以通过定能量的冲击波进行治疗，效果正在观察中，所以对于勃起功能障碍的患者，首先到医院确诊，是不是勃起功能障碍。当然对老年男性，除了这里以外，还要检测体内的激素水平是不是下降了，对症治疗，对早期的治疗大部分是由于敏感性增加，通过降低敏感性，通过大脑调节对阴茎的敏感性，比如常用的有舍曲林效果，还是不错的。 对早泄，基本上通过自己的意志控制，有时候可以到医院里面接受理疗，比如阴茎脱敏治疗，当然对那些包皮过长，敏感性过高的，建议及早做包皮切除。
性功能障碍的治疗需要综合性的治疗，在治疗原发疾病的基础上，根据个人的具体情况可选择以下几种方式： 一、性教育及心理治疗，如加强性教育知识的指导、纠正错误的性观念，而心理治疗强调个体化的方案，必要时需要心理门诊的医生辅助患者改善心理情况； 二、性行为的治疗，主要是通过针对性的性方面的训练，使患者逐渐适应并熟悉性交的过程，然后提高患者对性反应的自身感觉，减轻对性交的焦虑和恐惧； 三、药物治疗，主要有西药，如西地那非、他达拉非、达泊西汀等； 四、中医中药治疗、针灸及按摩等方式，建议到正规医院的中医科治疗； 五、物理治疗，主要是男用或女用电动按摩器，阴茎模型模具等对男性女性进行辅助性的帮助； 六、手术治疗，主要是针对阴茎本身有疾病的患者，进行手术改善男性阴茎的问题。
前列腺炎引起性功能障碍的治疗：这种情况需要治疗原发疾病前列腺炎，在前列腺炎治愈后，完全可以通过自我调节而恢复正常。对于性功能障碍需要明确病因，然后对症治疗，才能及时的恢复健康。在心理上要得到适当的调节和疏导，以利于整个身心放松。
治疗男性性功能障碍中的射精障碍：主要是以药物治疗为主。从治疗方案，一般都会有一个共同的方法，如多数人可以通过心理的调整，行为治疗，过渡到药物治疗，也有少数病人可能要接受手术治疗。目前由仪器代替电击或者用电击的方法刺激射精管或者精囊腺，可以达到射精的目的。另外手术或者仪器治疗的同时， 一定要注意生活有规律，加强体育锻炼。
治疗性功能障碍的方法不能盲目选择，首先要进行正确的诊断，比如存在有器质性的原因或者阴茎供血不足导致的，可以在医师指导下应用西地那非或者他达拉非这类可以扩张阴茎血管的药物，改善性功能障碍。还可以做阴茎负压抽吸治疗或者针灸、理疗，增强阴茎海绵体新陈代谢功能，治疗阴茎勃起困难或者勃起后持续时间过短的情况。 如果是因为心理因素导致的性功能障碍，还需要自我调节紧张的情绪，适当舒缓压力，必要时可以到心理医生处咨询，以治疗性功能障碍。
中医通过诊断肝、心、肾这几个器官来判断是否患性功能障碍。人们通常认为性功能障碍是肾虚所致，其实这是不全面的。从中医角度看，性功能障碍跟肝、心、肾这三个脏器都有一定的关系。由肾虚引起的性功能障碍，主要表现为男性性欲下降，精子量减少、腰酸胀疼痛、健忘、早衰等症状；由肝血虚引起的性功能障碍主要表现为男性的阴茎勃起困难、勃起的硬度不够、性交以后感到疲劳同时两侧腰酸胀疼痛等症状；由心脏阳气不足引起的性功能障碍主要表现为在勃起以后焦虑、不安、精神紧张等。所以从中医角度看，性功能障碍不是只跟肾功能有关，而是跟心肝肾三者都有一定关系。
