首都儿科研究所的前身是中国医学科学院儿科研究所，成立于1958年，是新中国第一家以研究儿童保健、儿科疾病为重点，兼有医疗、教学和预防任务的应用医学研究机构。研究所于1983年归属北京市。1986年附属儿童医院正式开院。全所现有员工910余人，其中专业技术人员占89%，具有高级专业技术职称的有120余人。所内有国家级和市级突出贡献专家6人，享受政府特殊津贴的专家20余人。研究所和附属儿童医院地处北京市朝阳区雅宝路2号，占地面积28815平方米，建筑面积10万余平方米。上世纪90年代以来，首都儿科研究所先后8次获得北京市属科研院所“改革与发展”一等奖，12次获得首都及卫生系统文明单位的称号。
研究所在近50年的发展中，确立了以“儿童保健群体医学研究”、“儿科疾病基因和生物技术研究”和“儿科感染的实验诊疗技术研究”有着明确科技创新特色的三支主力科研队伍，形成了儿童早期综合发展、流行病学、生长发育、病毒学、生物化学、分子免疫学、生物技术、遗传等九个研究室，其中病毒学研究室也是北京市禽流感网络实验室。承担着国家级、国际组织和国际间的多边合作类和卫生部、北京市一系列关系到儿童常见疾病、人口健康的重大研究项目，常年承担各类课题百余项。一批优秀研究项目先后获奖，其中有国家级奖7项、卫生部和北京市各类科技进步奖70余项。
研究所内设有：世界卫生组织儿童卫生合作中心、中国儿童卫生保健疾病防治指导中心、中-加儿童健康研究合作中心、北京市感染与免疫中心实验室。在研究所设有办公机构的国家级专业学会组织有：中华预防医学会儿童保健分会、中国儿科医师协会、中国关心下一代专家委员会、宋庆龄基金会儿科奖励基金委员会等。所内有多名资深专家担任全国专业性学会领导职务。
我所是国务院学位委员会批准的儿科硕士、儿科博士学位授权单位，现有博士生、硕士生导师30余名。2006年我所又被批准为北京大学医学部儿科学博士授权点。现已独立培养了博士、硕士200余人，有7名中青年科技骨干入选北京市科技新星。研究所是我国高水平儿科人才培养基地。近年，有50余名留学人员学成回国，为研究所的发展注入了新的活力。
目前在研课题97项，其中部市级以上课题65项。课题经费近4000万元。95%的课题均为公益性研究课题，具有前瞻性、指导性、科学性和可行性。部市级以上课题中，国家级课题11项，国际合作课题9项，部级课题8项，市级课题37项。2006年，我所争取到部、市级以上课题14项。最近，我所争取到科技部“十一五国家科技支撑计划”6个重大课题，其中3项由我所牵头，3项为合作项目。
近期，我所参与承担的国家973专题获得结题评估优秀成绩，并列入2007年我国人口与健康领域滚动科研项目计划。同时受卫生部委托，我所牵头完成了第四次九省市儿童体格调查与分析研究，其结果为国家卫生行政部门制定政策，提供了宝贵的科学依据。
研究所始终保持着与国际同行研究机构之间、著名的学科带头人之间密切的学术交往与联系，注重引进发达国家儿科同行的最新实验诊断与治疗技术，为我国儿科医学事业的发展起到了积极的促进作用。
