基质性角膜炎是位于层内的炎症，属非溃疡性的深层角膜炎。
大多数为先天性梅毒，其次为结核、风湿等感染引起，病原微生物可通过上皮或角膜缘血管直接侵犯角膜；但更多的是抗原-抗体反应结果。
除根据特征性的眼部诊断，还可从其他一些先天性梅毒的体征如马鞍鼻，Hutchinson氏齿及血清康华氏反应阳性得到证实。
在角膜中央区遗留下不同程度的瘢痕，影响视力；如瘢痕致密或变成扁平角膜时，可严重影响视力。角膜新生血管逐渐变细萎缩。多年后，在角膜深层留下极细的灰白色丝状影子血管，成为本病永存的特殊标志。有的病例因并发虹睫状体炎，可导致继发性青光眼。
病程经过缓慢，可成年累月反复加重，最后大部角膜受累。愈后留下较厚的、浓淡不一的瘢痕，视力可严重受到影响。
常伴发虹膜炎，虹膜睫状体炎和脉络膜炎.通常在1～2个月后炎症和新生血管开始消退，可残留部分角膜混浊，而使视力减退。