与灰指甲病易混淆的甲病主要有：
1.全身性疾病营养性疾病遗传性疾病或药物可以引起种种甲的改变。如甲色泽的改变(变白变暗色素沉着淡蓝色黄色等)，甲外形的改变(有横沟发育不良甲板过厚或过薄过大或过小变脆或与甲床剥离等)，这些改变有时误为灰指甲，但是这些甲病有一个共同的特点，即全部指(趾)甲都发生病变，而且同步进行，就是说上述内因对甲的影响是同时发生的。而灰指甲是由外因引起，真菌对甲板的感染是陆续传染的，有时见到的多个甲发生癣症，但却先后出现，并仍可能有一些指甲完全正常，这在内因性甲病中是见不到的;
2.皮肤病引起的甲病变。如银屑病皮炎湿疹扁平苔藓等也可引起甲板增厚变形有凹点或纵嵴等，这些疾病一般同时有相应的皮肤病症可协助诊断。
3.细菌感染。绿脓杆菌感染可绿甲而类似青霉菌等霉菌感染。细菌性甲沟炎及其甲病变可与念珠菌引起者相似，但前者均有明显的红肿热痛等急性炎症，并可出现脓液，这是后者没有的。
所有上述三类甲病中都找不到真菌，而甲癣中能找到真菌。不是真菌引起的甲病使用抗真菌药治疗，一般无效，有的还会更严重。