小阴茎是指阴茎结构正常，但与同年龄的人比较阴茎过小。正常的男性新生儿阴茎长度平均为3.75cm，而小阴茎多不足1cm。进入青春期，男性的小阴茎呈儿童型。
小阴茎的病因目前尚不完全清楚。可能是在妊娠第三个月雄性激素缺乏，或促性腺激素低下以及外生殖器对雄性激素不敏感所致。小阴茎常伴有双侧隐睾、睾丸发育不良、垂体功能减退及肥胖等。也可见于染色体缺陷如Klinefeter综合征或真两性畸形或正常XY核型的男性有特发性（原因不明）小阴茎。
这是一种先天性的不育症状，一般是指患者阴茎正常但体型较小，到了青春期发育还是如同儿童一样。
1、新生儿小阴茎多在1cm以下，甚至有不足0.5cm者，青春期或成年期均短于5cm,横径亦小。阴茎外观大致正常，尿道正常并开口于阴茎头部。
2、阴茎外观正常但明显小于同龄人。
3、睾丸、阴囊及前列腺发育不全。
4、阴茎勃起无力或不能勃起，绝大部分不能性交。
5、第二性征不明显，甚至出现乳房增生症状，而且无胡须、腋毛及阴毛稀少，无喉结。
对严重的出现排尿困难的患儿，应尽早施行尿道整形术以解决排尿。内分泌治疗是小阴茎的主要疗法，因为小阴茎的主要病因是雄性激素缺乏。所以合理地使用雄性激素可以得到较好的效果，而且年龄愈小治疗效果愈好。药物剂量应根据其年龄对药物的敏感程度而不同。一般丙酸睾丸酮1～2mg/kg，每周1～2次，3个月为一疗程。治疗过程中可测定血浆和尿中睾丸酮含量以调整药量。用药期间阴茎可有明显增长，但停药后仍可缩小，然而长期大量使用雄激素可使患儿性早熟和骨骺早期愈合。
因此，合理而适时的使用药物及按时随访观察是非常重要的。部分病人用绒毛膜促性腺激素也有疗效。手术治疗适用于已确定男性的患儿，采用阴茎延长整形术，其目的是使阴茎获得最大的长度。如果普通男性在阴茎勃起以后，是可以进行性生活的，就不属于阴茎短小。