单纯性尿路感染病原菌主要为大肠埃希菌(70%～95%)、腐生葡萄球菌(5%～19%)，偶见奇异变形杆菌、肺炎克雷伯菌属、肠杆菌属、枸橼酸菌属及肠球菌属等。急性单纯性肾盂肾炎的病原菌中也以大肠埃希菌为主，占80%以上，其他为奇异变形杆菌、肺炎克雷伯菌和腐生葡萄球菌等。再发性尿路感染的病原菌可为上述任何一种。妊娠期无症状菌尿的常见病原菌为需氧革兰阴性杆菌和溶血葡萄球菌。此外，在有尿路感染症状的患者中，10%～15%不能用常规方法从尿中分离出病原菌。
治疗后
在年轻女性，单纯性尿路感染最重要的危险因素是性生活活跃或近期有性生活，这是一个独立的危险因素。此外，杀精子膜的使用、无症状菌尿、反复发作的尿路感染病史、首次尿路感染的年龄偏低（<15岁）以及有尿路感染的家族史（直系女性亲属）等也是潜在的危险因素。有多项研究表明，雌激素水平降低是绝经后女性尿路感染的危险因素。其他潜在的危险因素包括、应用避孕药进行节育、性生活后未及时排尿、穿紧身内裤、排便后的卫生习惯，使用盆浴以及非分泌型体质等。对再发性尿路感染，前瞻性研究显示性生活与其并没有必然的联系，而主要取决于年轻时是否发生过尿路感染。