婴幼儿患肛瘘的病因，目前尚不完全清楚，可能与下列因素有关：
小儿患肛瘘的病因有哪些？
1、小儿骶骨曲尚未形成，两侧坐骨结节距离较近，加上肛门内括约肌紧张度较弱，因此粪便容易直接压迫肛管齿线处，肛窦粘膜易损伤、擦破，导致细菌入侵。
2、小儿常因尿布皮炎，刺激肛周皮肤，致使毛囊、汗腺、皮脂腺感染，形成肛周皮下脓肿与肛窦相通而形成肛瘘。
3、新生儿，尤其是男孩受母体激素失调的影响，使皮脂腺分泌亢进，易引起肛门皮脂腺炎，感染后成肛周脓肿与肛窦相通。
4、新生儿免疫功能不全，如新生儿生理性缺乏免疫球蛋白G(IgG)、免疫球蛋白A(IgA)等，因此容易发生肛周感染，形成肛瘘。
肛瘘防治病名：肛周脓肿是发生在肛门直肠周围的急性化脓性感染，它的感染来源在肛门内的肛管和直肠交界处，是一个叫肛窦的组织，感染菌主要是粪便中的大肠杆菌。这种疾病不同于身体其它部位的感染，其特殊性在于一旦发生，就基本没有自愈和药物治愈的可能。
肛门直肠周围虽然容易发生感染化脓，但如果我们在平时加以注意，还是可以预防的。预防的办法我们用12字方针来概括，这就是：“起居有常，饮食有节，劳逸结合”。
防治便秘和腹泻对预防肛管直肠周围脓肿有重要意义，因为大便干结容易擦伤肛窦，再加上细菌侵入而感染。腹泻者多半有直肠炎和肛窦炎的存在，可使炎症进一步发展。
及时治疗肛窦炎、肛乳头炎以免发生肛管直肠周围脓肿及肛瘘。肛门灼热不适、肛门下坠者要及时查清原因，及时治疗。
积极治疗积极治疗可能会引起肛管直肠周围脓肿的全身性疾病，如溃疡性结肠炎、克隆氏病等。养成良好的排便习惯每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。
积极防治便秘与腹泻便秘时积存在直肠内的粪块易堵塞肛隐窝致急性肛隐窝炎，最终将形成肛周脓肿。此外，大便干燥硬结，在排便时易擦伤肛隐窝引起肛周感染。腹泻日久，也可刺激肛隐窝发炎，稀便也易进入肛隐窝，诱发肛周感染。因此防治便秘和腹泻对预防肛周脓肿和肛瘘形成有重要意义。