很多人可能认为，小孩子不容易得肛肠疾病。事实上，由于婴幼儿的特殊生理特点，他们常常容易得上肛肠疾病。
它是胎儿的直肠、结肠、乃至小肠的粘膜下层和肌间缺乏神经节细胞，病肠失去有规律的蠕动，新生儿出生后即出现便秘、腹胀，如不及早诊治可发生结肠炎，甚者可肠穿孔而危及生命。
俗称先天性无肛。是胎儿的肛门直肠发育出了问题，未能形成正常的肛门直肠，它分为高、中、低三种位型。该病常伴有控制排便的肛门括约肌缺损，直接影响生活质量。
肛瘘是皮肤细菌或肠道细菌引起的肛周感染，少数是结核杆菌感染或外伤所致。有的女婴有肛门的直肠前庭瘘也是细菌感染所致。
便秘是症状，许多疾病伴有便秘，如前述的先天性巨结肠症、无肛病等。儿童便秘经过检查排除器质性病变，如找不到引起便秘的原因，则属于功能性便秘。据文献报道80—90%的儿童便秘为功能性便秘。
最常见的是直肠幼年性息肉，这种肠息肉的病变不仅是儿童便血的原因之一，而且有的息肉会有癌变的倾向性。