目前常用的治疗方法包括体外冲击波碎石术(ESWL)、经皮肾镜取石术(PNL)、输尿管软镜、腹腔镜取石术以及开放手术等。上述的这些治疗方法都可供临床选择使用，但是，对于具体的患者来说，应该根据结石在肾脏内的具体位置，选择损伤相对更小、并发症发生率更低的治疗方式。
20多年来，随着腔内泌尿外科手术成功地治疗肾结石经验的积累增多，现在开放性手术仅适用于一些特殊病例。其中，主要是那些需要同时进行解剖重建的结石患者。另一方面，尽管腹腔镜取石手术在减轻手术损伤程度方面具有一定的优势，但是目前尚不能成为治疗肾结石的标准手段。
由于ESWL具有创伤小、并发症少、无需麻醉等优点，因此，成为目前治疗直径≤20mm或表面积≤300mm2的肾结石的标准方法。对于体积较大的结石，ESWL虽然也能够成功碎石，但是，采用PNL能够更快更有效地碎石。需要特别强调的是，PNL需要术者具有相当的专业技术和经验。
采用ESWL治疗巨大肾结石的缺点是需要反复多次的治疗，并且治疗后容易发生结石碎片的残留。因此，一定要慎重地选用。推荐使用PNL治疗该类患者。
残留结石可以发展为新的结石，但是有报道认为这种危险性其实是相当低的。对于治疗后仍有结石碎片残留的患者，应该进行跟踪随访。
经皮穿刺行介入溶石治疗可以完全清除感染性结石的残留碎片，降低结石复发的危险性。这种治疗方法也可作为胱氨酸结石的辅助治疗手段。
对于尿酸结石，口服溶石药物是首选的治疗措施。另外，碎石后再行溶石治疗可提高溶石的速度，因而适用于较大的尿酸结石患者。